Trong những shōnen manga thời kỳ đầu, nam đóng tất cả các vai quan trọng, nữ chỉ có vị trí phụ như chị gái, em gái, mẹ và đôi khi là bạn gái. Một số shōnen manga gần đây hầu như bỏ qua nhân vật nữ. Tuy nhiên, cho đến thập niên 1980, nữ bắt đầu đóng những vai trò quan trọng nhiều hơn trong shōnen manga.

Vai trò của nữ trong manga dành cho độc giả nam phát triển một cách đáng kể từ nhân vật Arale Norimaki trong bộ truyện Dr. Slump. Đôi khi nữ không thể đạt được vai trò quan trọng, và cô ấy luôn là đối tượng mà người anh hùng đem lòng yêu hoặc quan hệ tình dục. Anh ta có thể được nhiều phụ nữ vây quanh. Vai nam chính luôn không thành công trong việc thiết lập một mối quan hệ với phụ nữ. Trong những trường hợp khác, các hoạt động tình dục của một cặp thành công được vẽ ra hoặc hàm ý. Thậm chí trong nhiều trường hợp khác, người anh hùng ban đầu ngây thơ và non nớt, lớn lên để trở thành một người đàn ông bằng việc học cách quan hệ và chung sống với phụ nữ bằng tình cảm và tình dục. Tuy nhiên, từ những năm 1990, nữ đã giành được một vai trò cao hơn trong nhiều bộ manga, mặc dù ít hơn về số lượng. Họ thường được mô tả là những nhân vật trung tâm hoặc những nhân vật đóng vai trò quan trọng trong manga.

Những shōnen manga đặc trưng với nữ làm nhân vật chính là Soul Eater và It's Not My Fault That I'm Not Popular!